Kurikulum PPs UIN SIBER Syekh Nurjati secara umum disusun berdasarkan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) sebagaimana diatur dalam UU Pendidikan Tinggi no. 12 tahun 2012 dan Peratiran Presiden no. 8 tahun 2013. Hal itu tidak lepas dari pertimbangan bahwa keselarasan mutu dan penjenjangan antara produk lulusan PROGRAM STUDI : dengan kriteria tenaga kerja yang diharapkan oleh masyarakat pengguna lulusan perlu diimplementasikan secara seksama. Artinya, dengan menjadikan KKNI sebagai rujukan dalam pengembangan kurikulum, lulusan PROGRAM STUDI : diharapkan dapat memenuhi tuntutan pasar kerja dan stakiholders lainnya serta dapat berkiprah dalam kehidupan social kemasyarakatan dan pergaulan masyarakat nasional dan intemasional.Dalam implemenetasinya, Program Doktor PAl & HKI PPs UIN SIBER Syekh Nurjati Cirebon memiliki dua model antara lain; kurikulum yang menggabungkan antara perkuliahan (course work) dan penelitian (research) dengan rentang waktu 6 semester sampai 14 semester untuk mencapai kurikulum yang sepenuhnya berbasis pada riset dengan komponen presentasi di forum ilmiah dan atau penulisan karya ilmiah yang dipublikasikan dalam jurnal serta disertasi dengan nilai SKS yang sama.berbasis teknologi informasi, desain kurikulum, dan penelitian berbasis interdisipliner. Mahasiswa diharapkan mampu mengatasi masalah dalam pendidikan agama Islam melalui pendekatan logis, kritis, dan kreatif. Mereka juga dibekali keterampilan untuk menghasilkan karya ilmiah dan mampu mengimplementasikan prinsip-prinsip etika keilmuan dalam pembelajaran dan riset.